গাজা ফ্লোটিলা অভিযানের সময় আটক কর্মীরা বলছেন যে তারা ইসরায়েলি হেফাজতে ধর্ষণ, নির্যাতন এবং অপব্যবহারের শিকার হয়েছেন অস্ট্রেলিয়ান পুলিশ দাবির বিষয়ে তদন্ত শুরু করেছে যে ইসরায়েলি বাহিনী গত মাসে গাজা-গামী একটি সাহায্য ফ্লোটিলায় অভিযানের সময় আটক কর্মীদের ধর্ষণ, নির্যাতন এবং অপব্যবহার করেছে। অস্ট্রেলিয়ান ফেডারেল পুলিশ (এএফপি) সোমবার ক্যানবেরায় গ্লোবাল সুমড ফ্লোটিলার চার নারী পররাষ্ট্রমন্ত্রী পেনি ওং, বহুসংস্কৃতি মন্ত্রী অ্যান অ্যালি এবং সিনিয়র পুলিশ কর্মকর্তাদের সাথে দেখা করার পর এই পদক্ষেপের বিষয়টি নিশ্চিত করেছে। মে মাসে ইসরায়েলি বাহিনী যখন গাজার অবরোধ ভেঙে ফিলিস্তিনি ছিটমহলে মানবিক সহায়তা পৌঁছে দেওয়ার চেষ্টা করছিল ফ্লোটিলাকে আটকানোর সময় 11 জন অস্ট্রেলিয়ানকে আটক করা হয়েছিল তাদের মধ্যে কর্মীরা ছিলেন।

জুলিয়েট ল্যামন্ট নামে এক কর্মী বলেছেন, কর্মকর্তারা অভিযোগগুলিকে গুরুত্ব সহকারে নিয়েছেন, যার মধ্যে দাবি করা হয়েছে যে বন্দীদের অপহরণ করা হয়েছে, নির্যাতন করা হয়েছে, কারাগারে রাখা হয়েছে এবং ধর্ষণ করা হয়েছে। এএফপি বলেছে যে এটি একটি "ভিকটিম কেন্দ্রিক, ট্রমা-অবহিত পদ্ধতি" ব্যবহার করে বিষয়টি পরিচালনা করছে। ইসরাইল অভিযোগ প্রত্যাখ্যান করেছে।

অস্ট্রেলিয়ায় এর দূতাবাস বলেছে যে দাবিগুলি সমর্থন করার জন্য "কোন বিশ্বাসযোগ্য প্রমাণ" নেই, কর্মীদের "পেশাদার উস্কানিদাতা" হিসাবে বর্ণনা করেছেন এবং বলেছেন যে অভিযোগগুলি "ইতিমধ্যেই মিথ্যা প্রমাণিত হয়েছে।" গ্লোবাল সুমুদ ফ্লোটিলা ইসরায়েলি বাহিনীর দ্বারা যুদ্ধাপরাধ, মানবতাবিরোধী অপরাধ, নির্যাতন এবং আন্তর্জাতিক আইনের অন্যান্য লঙ্ঘনের অভিযোগে আন্তর্জাতিক অপরাধ আদালতে একটি দাখিলও করেছে। ফ্লোটিলা বন্দীদের প্রতি ইসরায়েলের আচরণের ক্রমবর্ধমান আন্তর্জাতিক তদন্তের মধ্যে অস্ট্রেলিয়ান তদন্ত এসেছে। সাইপ্রাসের কাছে আন্তর্জাতিক জলসীমায় ইসরায়েলি বাহিনী জাহাজটিকে আটকানোর সময় প্রায় 40টি দেশের 400 টিরও বেশি কর্মীকে আটক করা হয়েছিল।

বিভিন্ন দেশের প্রাক্তন বন্দীদের মারধর, যৌন নিপীড়ন, অপমান এবং আইনি প্রবেশাধিকার অস্বীকার করার অভিযোগ রয়েছে। ইসরায়েলের জাতীয় নিরাপত্তা মন্ত্রী ইতামার বেন-গভির তাদের পিঠের পিছনে হাত বেঁধে হাঁটু গেড়ে থাকার সময় কর্মীদের কটূক্তি করার পরে এই ঘটনাটি ব্যাপক ক্ষোভের জন্ম দেয়। অস্ট্রেলিয়া বেন-গভিরের আচরণের নিন্দা করেছে এবং তাকে অনুমোদন দিয়েছে।

ফ্রান্স এবং ইতালিও ফ্লোটিলা বন্দীদের অপব্যবহারের অভিযোগে আইনি প্রক্রিয়া শুরু করেছে, যখন কানাডা একটি স্বাধীন তদন্তের আহ্বান জানিয়েছে। ইসরায়েল বারবার বন্দীদের সাথে দুর্ব্যবহার করার কথা অস্বীকার করেছে এবং বলেছে যে ফ্লোটিলা মিশনগুলি হামাসকে সহায়তা করার জন্য ডিজাইন করা রাজনৈতিক উস্কানি।